在大掌门后期，玩家将面临多种高难度副本挑战，包括试炼本、竞技场、首领本、论剑峰、血战襄阳和武林大会等。这些副本不仅考验玩家的阵容强度，还需要合理的策略搭配和团队协作。试炼本分为简单和进阶两类，需先通关简单本才能解锁进阶本，其难度显著高于普通挑战本，但奖励更为丰厚。竞技场则以玩家PK为核心，胜负取决于阵容克制关系和整体战力，若失败需优先强化弟子属性与装备。首领本作为资源产出核心副本，要求组队挑战并注重团队配合，首领的高生命值与输出需通过特定技巧削弱。
论剑峰是后期重要的竞技型副本，玩家需通过持续抵御敌人进攻来提升排名，其奖励与声誉直接挂钩。血战襄阳则结合了策略规划与资源管理，玩家需在有限条件下抵御多轮敌人，通关后可获得大量经验与装备奖励。武林大会采用淘汰赛制，强调个人实力与团队协作的平衡，冠军奖励包含稀有资源和门派荣誉。门派副本专为团队设计，成功挑战后可提升门派整体实力，而奇遇副本和秘境寻宝则提供随机探险机会，奖励特殊道具与珍稀资源。
跨服副本和日常副本是后期持续获取资源的稳定途径。跨服副本支持跨服务器玩家互动，奖励独特且能提升社交体验；日常副本则提供基础经验、银两及道具，适合每日刷取。节日副本作为限时活动，通常结合特殊事件推出，奖励节日专属道具。游戏会定期更新副本内容，例如新增的决战紫禁之巅和共闯少林等玩法，进一步丰富后期挑战多样性。
后期副本的核心策略围绕弟子培养与阵容优化展开。优先将主力弟子攻防属性培养至均衡状态，内力不足可通过武功等级弥补。阵容搭配需兼顾输出、坦克、辅助与控制角色，例如3剑神组合适合血战，而群攻弟子在特定副本中表现突出。装备选择需匹配弟子特性，如玄铁重剑可强化杨过输出。阵法升级需平均分配资源，主阵优先提升韧性与破韧属性。真气系统在弟子65级后解锁，能显著提升战力，需合理分配培养资源。
后期副本的挑战需注重细节操作与资源积累。三星通关后使用跳过功能可提高刷本效率，首次三星奖励三倍经验与威望。首领本需熟悉机制，如征讨魔教副本中需按顺序击杀紫雷手和关西二虎。血战襄阳需合理分配输出与防御回合，避免资源浪费。日常副本和活动副本的参与频次直接影响资源积累速度，建议优先完成高收益关卡。跨服副本的沟通协作是关键，需提前明确分工。
