舰队仓储系统是无尽的拉格朗日中管理舰队的核心功能模块，主要承担舰船存储、分解合成、资源回收及战斗力强化等关键作用。该系统采用直观的界面设计，玩家可清晰查看所有舰船的战斗属性、等级和类型，并通过分类筛选快速定位目标舰船。初始仓储空间有限，但通过升级系统或完成特定副本任务可逐步扩展容量，同时解锁更多高级管理功能。
舰队仓储的核心功能之一是舰船分解与合成。玩家可将冗余舰船分解为稀有资源，用于精炼现有舰船以提升等级或强化属性。合成功能允许将多艘低阶舰船合并为高阶舰船，该机制显著提高了舰船资源的利用率。分解获得的资源类型与舰船品质直接相关，高品质舰船分解后产出的资源可用于更高级别的强化操作。
仓储系统内置的置换与强化模块能有效提升舰队整体战斗力。置换功能支持快速替换舰队中表现不佳的成员，确保编队始终保持最优状态。强化功能则通过集中分配技术值来针对性提升舰船属性，技术值可通过战斗、任务或蓝图研究获取。强化过程中需注意不同舰船类型的定位差异，例如防御型舰船优先强化护甲系统，而输出型舰船应侧重武器系统升级。
作为战略部署的重要环节，舰队仓储提供特殊的保护机制。存储在仓库中的舰船不会因其他玩家的攻击而损毁，这为资源调配和战术调整提供了安全缓冲期。系统还支持蓝图研究功能，玩家可在此对已获得的舰船蓝图进行技术分析和改造方案拟订，该功能与基地的科研设施形成协同效应，共同构成舰船技术升级的双通道。
后期解锁的舰队仓储高级功能包括自动化编组和战术预设。自动化编组能根据玩家设定的参数自动优化舰队配置，显著降低大规模舰队管理的操作负担。战术预设则允许保存多套舰船强化方案，便于针对不同作战场景快速切换状态。这些功能需要通过提升基地等级或完成特定主线任务逐步解锁，属于游戏终局阶段的重要战略资源。
