在无尽的拉格朗日中配置舰队时，首要任务是理解不同类型舰船的功能定位，并据此进行分工。游戏中舰船按作战功能大致可以分为前排能打能扛型、前排肉盾型、前排输出型、中排高攻型、后排高攻型、高攻低防型以及支援型等。一套完整的舰队搭配应尽可能涵盖输出、防御、修复、防空和载机等多种定位，根据战场环境和对手配置来动态调整各类舰船的比例，例如对方舰载机多就需要多配备防空型战舰或对空战机。明确每艘船的角色是构建有效舰队组合的基石，这要求玩家不仅了解舰船的基础属性，更要清楚其在实战中的作用。
舰船的站位，即前、中、后排的位置安排，是配置舰队时必须精细考量的战术细节。一般而言，防御能力强的舰船需要放在前排充当肉盾来吸收伤害，而中、后排则部署主力输出舰船。更深层的策略在于利用武器的战斗序列机制，即每件武器会优先攻击特定序列中的舰船类型。我们可以通过前排舰船的配置来针对性地保护己方高价值单位，例如当敌方主力输出是斗牛级时，由于其武器优先攻击驱逐舰和护卫舰，我们可以选择不编入驱逐舰，而用FG300装甲型护卫舰来保护中后排的红宝石级，从而实现有效克制。合理利用站位和战斗序列能显著降低战损，提升输出效率。
移动速度是一个容易被新手忽视但极其关键的属性，它直接决定了舰队的战术灵活性与战场执行力。舰队的整体移动速度由编队中最慢的那艘船决定，速度过慢会严重影响舰队集结、包抄和撤退的时机。按照速度，舰船可分为龟速型、慢速型、普通型和高速型几个档次。在编组时，必须考虑速度的协同，例如将高人口、慢速的战列巡洋舰或航母通过增援指令加入舰队，而非直接编入主队，可以避免它们拖累主力舰队的行军速度。一支高移速的舰队在侧翼包夹、快速拆家或机动游击中具有无可替代的战略价值。
根据不同的战略意图组建功能迥异的舰队是高级玩法。通常推荐玩家配置至少两支主力舰队，一队是主力接战队，侧重能抗能打，用于正面交战，其前排应优先选择能打能扛型或肉盾型舰船，且数量不宜过少以保证互相掩护，中后排则配置高火力舰船。另一队是纯输出队或高速队，其职责是利用游戏规则——当多支舰队攻击同一目标时，只有首先接战的舰队会受到伤害——从而最大化输出且不必考虑生存，通常由艾奥、斗牛、刺水母等高攻或高速舰船组成，用于侧翼包夹。还可以专门组建高速的抄家舰队，由诺玛M470、云海级等高攻城值的舰船搭配高速护卫舰组成，专司拆除敌方前哨站和采矿平台。
善用指挥值上限和增援系统是优化舰队实力的高级技巧。玩家单支舰队的指挥值有上限，因此需要合理分配人口，将高指挥值的强力舰船如大帝、风暴、太阳鲸等通过增援方式加入已编组好的舰队，可以在不占用主队编成位置的前提下提升战斗力。配置时不能只看纸面火力，还需深入了解武器系统，关注武器的单发伤害、攻击频次和特效，因为当武器单发伤害低于目标护甲时，只能造成极低的保底伤害，而离子武器则无视护甲只受护盾影响。支援型舰船如维修舰在中后期战斗中的治疗量可能跟不上伤害，有时不如换成输出舰船以战养战，但它们在对阵野怪或低级城防时仍有用武之地。
舰队配置并非一成不变，需要根据具体的战斗目标进行针对性调整。在攻击由NPC保护的据点或参与大型会战时，需集结足够规模的舰队，并优先使用高速舰艇侦查敌情，摸清对方配置后，再针对性调整己方编队，若对方防空薄弱则多带舰载机，若敌方战列舰多则优先使用能量武器。攻城时需要配备具有高攻城伤害的专用舰船。加入一个活跃的联盟对于学习配舰经验和进行团队协作也至关重要，因为这是一款强调策略与配合的游戏，单打独斗难以应对复杂战局。
