存在一种需要特殊方式才能开启的宝箱。这类宝箱通常隐藏在水底或水边隐秘位置，开启条件包括解谜、击败守卫或完成特定任务。根据游戏机制，玩家需先找到被封印的塔，击败三波怪物后会出现宝箱，开启封印后水位下降，可看到棕色石头，击碎后人物会获得环绕的小星星，将其带到中央祭坛即可激活机关并打开秘境门。
部分宝箱需要利用元素技能激活机关。例如水底宝箱需通过放水装置降低水位，而某些装置需要先点灯才能启动。点灯需攻击特定石头获取元素能量，将能量引导至对应灯笼状装置。若遇到风墙围住的宝箱，需收集三个分布在附近的风之种，或从高处滑翔进入风墙内部。风之种会随时间消失，建议先确认全部位置再集中收集。
在探索过程中，地图标记和任务指引是重要工具。绝云间东北方向的传送锚点附近存在隐蔽遗迹石碑，互动后可触发线索任务。按任务要求依次清理丘丘人部落、击败深渊法师等敌人，可逐步解锁三个宝箱并获得最终线索。提交全部线索后，石碑顶端会发光并开启藏宝地点大门。该过程需注意观察环境中的黄色光柱提示，这是游戏设计的视觉引导。
对于被碎石堆或虚假岩石遮挡的宝箱，可使用大剑角色快速破坏，或利用附近炸药桶引爆。部分宝箱需完成限时挑战，如30秒内开启机关并抵达目标位置，建议优先利用风场加速移动。若遇到需多人协作的机关，必须联机配合触发。所有宝箱开启后均会获得原石、摩拉或圣遗物等奖励，珍贵宝箱还可能包含武器突破材料。
探索时建议携带不同元素角色以应对各类机关，岩元素角色可快速破坏障碍物，风元素角色能利用风场提升移动效率。神像供奉进度会影响体力上限，建议优先收集区域内的神瞳。游戏内天气系统可能影响解谜，如雷雨天气需先完成特定任务才能恢复正常环境。宝箱不会重复刷新，但部分普通宝箱会在24小时后重置。
